Todo ninja tem uma cor de chakra diferente, isso é uma das coisas que define a assinatura de chakra dele da qual os personagens, principalmente sensores costumam falar. A Kurama tem um chakra avermelhado, enquanto o Naruto naturalmente tem um chakra amarelado:
Naruto descrevendo o chakra dele normal, amarelo, e quando influenciado pela Kurama, vermelho.
A cor natural do chakra do Naruto é como a do pai dele, Kakashi também tem o chakra de cor parecida com a do pai dele (branco), o que significa que a genética influencia na forma do chakra, tanto é que vemos personagens reconhecendo membros de Clãs especificos pela assinatura de chakra:
Tobirama reconhecendo o Clã da Karin pela assinatura de Chakra.
Agora, não tem como a cor ser completamente genética, já que Sasuke e Itachi são irmãos e um tem um Susanoo alaranjado e o outro arroxeado, provavelmente a genética influência em um grau do tipo a cor primária do chakra:
Vermelho+Amarelo=Laranja
Vermelho+Azul=Roxo
Talvez chakra tenha um chakra tão diferente do irmão por ser uma reencarnação de Indra? (Madara tem um Susanoo azulado).