Não é um trem tão complicado. Na verdade o erro se encontra em isolar essa fala, dá a entender que esse sapo cururu é feito só de energia natural. No entanto, ele é referido como massa de chakra em outras ocasiões, além de ele logicamente ser a junção de 9 massas de chakra ambulantes. De forma simples, ele não é energia natural pura, só está em simbiose com ela - ele está em simbiose com a natureza, por isso consegue controlar ela igual ao Kabuto usando Muki Tensei.
Não confunda as coisas. Estar em simbiose com algo não significa ser esse algo, significa que você tem uma relação intrínseca com esse algo. A ligação entre o jubi e a natureza era tão profunda que eles um só, é isso que a Kurama quer dizer. Mas ele continua sendo feito de chakra.
Quando Kurama diz que Naruto não poderia sentir o jubi, é pq Naruto estava no modo Kurama, que só tem sensor de sentimentos. Mas como você vai sentir uma coisa que não tem sentimentos com um detector de sentimentos? Por isso Naruto entra no Modo Sennin, que sente chakra. E sim, o Modo Sennin ali é justamente pq o jubi é feito de chakra.
Sobre os sensores da aliança sentirem ele, de novo, é pq ele um monstro de chakra. Não precisa nem ser sensor pra sentir ele, qualquer massa de chakra tão grande pode ser sentida até por civis. Só o Naruto não sentiu, pois estava ficando no sensor errado.
Agora, deixo uma pergunta pra você: se esse sapo angolano é feito exclusivamente de energia natural, então como ele gera chakra? Lembrando que chakra é um composto de energia mental e física.