[Discussão] Como Hiruzen explicou isso?

O mais provável é que ele deve ter mandado a desculpa de que o Itachi pegou, e mandado investigar por debaixo dos panos.

Ou simplesmente sumido com os corpos dos sem olhos

Na Névoa, a Anbu era responsável por incinerar os corpos dos mortos, talvez fosse similar na Folha. E mesmo que não, eu acho que ninguém em sã consciência ficaria remexendo os corpos dos mortos. Provavelmente foram todos colocados em sacos escuros e ninguém viu nada. Pode ser que esse detalhe sequer tenha chegado no público geral e entre os poucos que tenham obtido essa informação, no mais provável, apenas foram orientados a não dizer nada e seguiram as ordens sem questionar.

De qualquer forma, é um detalhe que poderia ser abordado por Kishimoto na forma de boatos que as pessoas da vila comentam, mas poucos sabem se foi verdade mesmo.

Quem fez a autópsia foi recomendado a ficar calado, e se alguém fora isso viu os corpos, viram com a as pálpebras fechadas.
Very easy.

Podem ter concluído que essa foi a estratégia bem sucedida de Itachi para massacrar seu clã do sharingan. Como ele conseguiu seria um mistério na perspectiva da vila.