A história gira em torno de Haruka Nanase, um cara que sempre gostou de mergulhar na água e nadar. Antes de se formar na escola primária, participou de uma competição de natação com seu companheiro de clube: Rin Matsuoka, Makoto Tachibana e Hazuki Nagisa. Depois que os garotos ganham cada um seguiu o seu próprio caminho. O tempo passou e depois de levar anos sem ver sua amiga Rin, que foi para o exterior e agora retornou, desafios Nanase para uma competição de natação para mostrar o quanto ele tem melhorado ao longo dos anos. Haruka não pretende que corre lá, então Makoto reúne e Nagisa, seus velhos amigos do clube de natação da escola primária que também o Reno, um novo membro chamado Rei Ryugazaki para formar clube de natação da escola, a fim Iwatobi bater Rin e sua nova equipe de uma escola rival.