Acredito eu que a diferença é que o rei dos piratas cruzou toda a grande rota, já os yonkou ficam só na área de domínio deles, e o Rei dos piratas, no caso o Roger foi o homem mais forte do mundo, então acredito que o que diferencia o rei dos piratas dos yonkou é que o rei dos piratas conquistou toda a grande rota, foi o homem mais forte do mundo na sua época, acumulou o maior tesouro e possuía a maior recompensa, resumindo, foi o homem que conquistou tudo o que podia como um pirata.