Acho que você está favorecendo e superestimando muito a Yugito Nii.
Pain devastou Konoha inteiro por si mesmo, enfrentando todos os ninjas da vila, e depois lutou contra Naruto durante um bom tempo, forçando-o a liberar 8 caudas da Kyuubi. Acha que a Yugito tem essa capacidade? Acha que ela sobreviveria e derrotaria aquele que derrotou Jiraya com uma certa facilidade? Que ela burla todo o arsenal que derrotou Kakashi, Chouza, todos os ninjas de Konoha e quase Naruto?
Você está considerando os corpos sendo derrotados um por um, em nenhum momento de sua análise você pensou que Nagato usaria todos ao mesmo tempo, assim como fez na luta contra Naruto.
A luta se desenvolveria mais ou menos assim:
• Os Ninjutsus e os Katons de Yugito seriam absorvidos pelo Gakido.(Foi capaz de absorver Goemon com chakra Senjutsu sem problema algum).
• Yugito não controla sua Bijuu tão bem quanto Bee e apesar de conseguir entrar no Modo Bijuu completamente, não possui tanta maestria dela enquanto humana.
• Caso Yugito partisse para cima de Gakido, mesmo com a ajuda do manto, Nagato possui a visão compartilhada que serviria de apoio(assim como na luta contra Jiraya), e Tendou poderia usar ST para impedir a investida, ou mesmo Yuugito poderia sofrer uma barragem de ataques de projéteis de Shurado.
• Gamabunta conseguiu lutar no mano a mano com Shukaku, e mesmo que as Kuchiyoses de Nagato sejam um pouco inferiores ao mesmo, Pain tem
VÁRIAS(Rinoceronte, Carangueijo, Touro, Centopéia, Pterodáctilo, Camaleão, Cerberus). Acho que se tornaria muito difícil pra Matatabi lidar com todas elas ao mesmo tempo e ainda lidar com os perigosos jutsus de Nagato.
• Shuradou tem armamentos bastante letais como uma rajada de misseis e um canhão que libera uma densa energia de Chakra de uma vez só, que pode espalhar um grande rastro de destruição. Utakata(mesmo que Filler), deitou apenas para os mísseis.
• Diferente de Nagato, Yuugito não tem nenhuma capacidade sensorial, nem física nem de Chakra. Ela seria incapaz de encontrar qualquer um dos corpos de Nagato que estivesse dentro do camaleão. Então mesmo que ela conseguisse derrubar algum corpo de Nagato, o mesmo poderia revivê-lo usando o Jigokudo em segurança, sem ter perigo de detecção.
• Até onde sabemos, Yugito não é nenhuma perito em Genjutsu e que os corpos de Nagato não caem em gens normais então só resta a Forma de Bijuu como tentativa de vitória. Tentativa frustrada por sinal, pela quantidade de Kuchiyoses + CST e esse canhão aqui que deve doer bastante:
• Além disso, Yugito caiu perante Kakuzu e Hidan. Quem você acha que venceria uma luta, Kakuzu e Hidan(Que foram derrotados por Ino, Shikamaru, Chouji, Kakashi e um Naruto bem inferior ao da invasão de Konoha) ou Pain?
Enfim, as chances de vitória da Yugito aqui são quase nulas. Pain foi a primeira idéia de vilão overpower que se teve em Naruto. Foi depois dele que começou a surgir essas porras com poderes deuses ai. Yugito doesnt stand a chance.
Se Naruto SM e Kyubi quase perdeu, e teria perdido se não fosse a raiva que ele recebeu com a cena da Hinata que despertou a Kyuubi, imagina Yugito.