Não há nada de paradoxal nisto, é simplesmente o ato das pessoas pegarem um sinônimo e quererem dar uma identidade a ele, mania bem comum, diga-se de passagem. Nada = ausência de matéria e energia. O que existe? Matéria e energia. E o que não existe? Precisamos nomear para que fique fácil a identificação, então chamamos "nada". Simples assim. O nada é a definição própria da inexistência.
Acredito que uma das coisas que contribuiu para esta comum confusão foi o significado da palavra "vácuo". O vácuo perfeito não pode ser criado pelo homem, mas há vácuos parciais, e, a partir disto, as pessoas começaram a ouvir que é possível criar vácuo, e começaram a criar uma ideia totalmente errada. A inexistência é a ausência do que conhecemos como matéria e energia. Matéria e energia existe, se a eliminarmos, nada mais existirá.
Claro que também há várias classificações de "nada", o que ajuda a criar essa confusão, uma vez que categorizamos as coisas de acordo com a circunstância. "O que tem a ver? - Tudo", "não tem nada aqui", etc.
Ademais, a própria pergunta já mostra a confusão das pessoas: "o nada". Fala-se como se fosse alguém ou algo papável, quando é simplesmente a definição de inexistência, palavra criada para conseguirmos comunicar a ausência total ou parcial de matéria e energia. Enfim, não há paradoxo nisso.