Rinnegan, Rinne Sharingan, Tenseigan, ou o doujutsu que for, não oferecem imunidade ao Kotoamatsuki.
Justamente pelo fato de que não precisa ter contato visual do olho do usuário com o olho do inimigo. Danzou lançou o Kotoamatsukami em Mifune com o Sharingan coberto pelas faixas que tem na cabeça.
Quanto aos Jinchuuriki perfeito, também não seria diferente. Ninguém sentiu o chakra do Mifune alterado, justamente pelo fato da técnica ser indetectável. Como Kurama ou Gyuki iriam tirar os seus hospedeiros do Kotoamatsukami, sem saber que eles haviam sido pegos por um genjutsu pra inicio de conversa?
Sasuke lançou um genjutsu em Bee, que o deixou imóvel. Graças a isso, Gyuki foi lá e tirou o seu jinchuuriki do transe. Como algum bijuu pode tirar o hospedeiro de um genjutsu, sendo que é praticamente impossível sentir ele?
Só foi descoberto que o Mifune estava sob genjutsu do Danzou, porque o Ao viu o chakra do Shisui com seu Byakugan no olho que Danzou estava portando. E devido ao conhecimento de Ao, ele sabia que Shisui possuia um genjutsu capaz de controlar pessoas sem sequer saber que as mesmas estavam sendo controladas. Se Ao não conhecesse Shisui, mesmo com seu Byakugan, ele não sentiria nada de diferente no Mifune, já que ele simplesmente jogou verde (devido ao fato do olho do Shisui ter capacidade de fazer tal coisa) e colheu maduro.