Seria um rumo muito mais interessante, maduro e complexo para os eventos de Naruto. Naruto sempre foi um anime muito simples no âmbito político, histórico e nas motivações de personagens. Sempre parece existir um bem ou um mal, com raras exceções como Sasuke antigamente ou o Danzo. Uma guerra civil poderia ser incrível de ver se desenrolar, um possível cenário seriam facções da ANBU, Orochimaru e Danzo contra Kakashi, Jiraiya e Tsunade. Talvez uma guerra de Konoha destruída contra vilas que tentassem usurpar a Kyubi, que se escalaria em uma guerra ninja, enquanto a Akatsuki sai roubando Bijus. Acredito que Sunagakure se aliaria à Konoha, Iwagakure e Kumogakure fariam um pacto, Akatsuki sairia por aí desgastando todos e se aproveitando do caos, Orochimaru iria se rebelar por que sim, Kakashi, Jiraiya e Tsunade fugiriam com Naruto para fora da vila controlada.
Após o fim da guerra, que seria no início/meio do Shippuden, as grandes vilas estariam devastadas, Konoha tentaria recuperar a Kyubi exilada fazendo paz com os Jonin/Sannin revoltados, muitas Bijus de outras vilas foram perdidas para a Akatsuki, e a partir daí a história se desenvolve mais ou menos parecida com o original. Exceto que o arco da guerra seria 1000x mais interessante pela política por trás da aliança de nações inimigas, Naruto teria um ótimo desenvolvimento, Sasuke desenvolveria de forma parecida.
Não é possível que só eu acho que a história seria mais interessante [embora impossível de acontecer pelo estilo de Naruto], e não seria só bem vs. mal, teriam várias incógnitas e fatores no meio.