No VS Battle Wiki, a maioria dos Heróis de Classe S do One Punch Man são considerados Tier 7 (Nuclear), classificação usada para determinar personagens capazes de representar ameaças desde uma pequena cidade até uma grande montanha. As únicas exceções são King, que pra quem já assistiu a segunda temporada do anime, sabe que ele é fake, e a Tatsumaki, que está classificada no Tier 6 (Tectônico), com sub-classificação de Tier 6-C Alto (Grande Ilha).
Nesta mesma Wiki, Tier 7 já classifica alguns personagens consideravelmente fortes, desde personagens com nível Jounin (mais fracos do Tier 7) até personagens nível Kage (mais fortes do Tier 7), como Naruto Sábio, os Sannins, etc.
Por nivelamento, eu diria que a maioria dos Heróis de Classe S do One Punch Man podem ser considerados, no mínimo, Jounins bem fortes, ou até mesmo Kages no Mundo Shinobi. Mas ainda ficariam abaixo de alguns dos personagens que consideramos "Kage Super" ou acima disso. As exceções são King, que não pega nem nível Genin, e Tatsumaki, que também por nivelamento, seria praticamente comparável aos Jinchūrikis Perfeitos.
Mas isso é por nivelamento, envolve mais poder destrutivo e capacidades físicas do que somente as habilidades dos personagens. Então não dá pra saber ao certo qual seria o desempenho dos heróis lutando contra os ninjas ou vice-versa. Mas de maneira geral, creio que os heróis continuem sendo Classe S se mudarem para o Mundo Shinobi.