Não foi alguém que decidiu, foram grupos de pessoas mesmo. Os 5 Kages decidiram caçar Sasuke como Nukenin após o Danzou o declarar dessa forma ainda antes dos eventos que levaram à reunião deles (em especial a falha captura do Bee). Provável que no pós guerra o mesmo tenha ocorrido, várias e várias reuniões para os espólios de guerra e decisões como essas de julgar ou perdoar criminosos por suas eventuais ações a favor da aliança Shinobi.
Porém, quem os perdoou antes de tudo, foi com certeza Naruto. Hashirama perdoou Madara, Naruto perdoou Obito e Sasuke, etc etc.
Motivos pelos quais eles foram perdoados, bem, não é exatamente um perdão, Orochimaru e Kabuto estão provavelmente cumprindo serviços comunitários com pesquisa e tal. Kabuto em especial tá cuidando de um orfanato e ficou encarregado dos Shins capturados depois da derrota do Shin pai. Sasuke está investigando os Ootsutsukis.