Na minha opinião, eu posso dizer que praticamente todas as magias podem ser considerados um superpoder, porém, nem todos os superpoderes podem ser considerados uma magia. Em outras palavras, a magia é uma classe de superpoderes, mas os superpoderes, por si mesmos, englobam muito mais do que a magia pode abranger. Basicamente, um conjunto de poderes mágicos está contido em um conjunto de superpoderes, mas o mesmo não vale para o inverso disso.
Quanto às diferenças mais específicas:
Como são chamados os seus usuários?
R: Os personagens que usam magia podem ser chamados, comumente, de magos, mágicos, bruxos, feiticeiros, entre outros; Já os personagens que usam superpoderes podem ser chamados não apenas pelos mesmos nomes daqueles que usam magia, como também de diversos outros, como (super)heróis, super(vilões), deuses, demônios, mutantes, entre outros, geralmente isso vai depender da classe de poderes que eles possuem (isto é, a origem dos poderes deles).
De onde se originam?
R: A magia pode ser originada de diversas coisas, dependendo do universo fictício, mas em geral: itens mágicos, pacto com entidades mágicas, talento, energia (mana), entre outros também; Os superpoderes podem se originar disso tudo aí e mais um pouco, tipo: mutação (X-Men), tecnologia (Batman), descendência divina (Aquaman), "acidentes" (The Flash), experimentos científicos (Capitão América, Hulk), treinamento puro (Saitama), entre várias outras coisas.
Como são usados?
R: Eu não sei se é uma regra, mas geralmente, para um personagem usar magia, ele precisa de algum item mágico, fazer algum ritual, símbolos, gestos, falar alguma coisa, invocar algum espírito, tirar a essência vital de alguma coisa, entre outras coisas; Já os superpoderes englobam isso e mais um pouco.
E creio que existam outras diferenças diversas por aí. Mas ao meu ver, as diferenças vão por essa linha aí.