Puro enredo, provavelmente. O Kishimoto, de repente, se esqueceu que existiam outros Uchihas além Itachi e Shisui (que foi mencionado), se esqueceu do pai do Kakashi, que era mais famoso que os Sannins (o maluco do Kabuto conseguiu esquecer esse cara kkkk), entre outros aí. Porém, ignorando esse detalhe, o mais provável é que, assim como o Tobirama escondeu o corpo do Madara, a elite de Konoha também escondeu os corpos dos Uchiha, afinal, eles não iriam querer que algum aproveitador de outra vila pegasse o Sharingan.
Agora sobre o poder do Fugaku, eu o consideraria tão forte quanto os Jounins de Elite de Konoha pelo mangá. Por anime/novels, poderia até ser nível Kage/Rank-S, por causa do Mangekyou Sharingan. Mas nem vou falar muito sobre isso, a última vez que falei sobre esse cara aqui no fórum fui quase devorado vivo