Elas foram obtidas pelo Itachi durante algum ponto da vida dele.
O anime deixa isso mais claro com a paleta de cores. Enquanto Susano'o do Madara ou do Sasuke possuem armas da mesma paleta de cor do Susano'o (Espada do Madara, Flechas do Sasuke), o Susano'o do Itachi é demonstrado com a Totsuka em cor amarelo vibrante, diferente do Susanoo avermelhado:
Ou seja, fica claro pela paleta de cores que essa arma não é original do Susano'o.
Como Itachi implementou a Totsuka no Susano'o? Plot provavelmente, decisão do Kishimoto, ou algo necessário, ou até pensado também que o Itachi precisava para o momento. E implementar uma arma dentro do seu corpo é algo já visto certas vezes. Até jutsus, como o próprio Itachi implantou um jutsu do MS no Naruto (Koto Amatsukami).
O adendo ficaria para o escudo de Yata, que possui um tom mais semelhante ao Susano'o, todavia uma vez que a espada fica interpretável que foi uma arma adicionada ao Susano'o, é de se esperar que o mesmo seja considerado do Yata. Este, provavelmente, tem coloração avermelhada por estar coberto do chakra do Susano'o. Ou, talvez, a coloração natural dele seja essa mesmo. Ou até de alguma forma o espelho "se fundiu" ao Susanoo.
Em resumo, elas são adquiridas sim. Como, não sabemos, quem sabe um dia Kishimoto responda isso.