Sim.
O Obito não declarou guerra contra as 5 Grandes Nações Shinobi sem ter um poder militar equiparável.
Os 100.000 Zetsus Brancos se equiparam a maioria dos 80.000 ninjas e samurais da Aliança Shinobi. As exceções seriam os ninjas de elite.
O Zetsu Negro teve poder o suficiente para enfrentar o grupo da Mizukage, faria o mesmo aqui.
O Zetsu Espiral também devia ser bem forte, mas sem o Yamato, seu poder seria reduzido. Porém, esse problema poderia ser resolvido ou amenizado com o Obito escolhendo outro corpo para ele se assimilar.
Sem a parceria com o Kabuto, o Obito não teria motivos para matar Fū e Torune, e poderia repensar sobre matar a Konan, se aproveitando dela para controlar Amegakure, que embora não tenha uma grande força militar, poderia dar uma atrapalhada na Aliança Shinobi, assim como os Zetsus Brancos.
Além disso, ele poderia dar o corpo da Konan para o Zetsu Espiral se assimilar, aí ele poderia se tornar um problemão. E mais, como o Obito tinha um estoque com vários Sharingan, poderia dar isso para o Zetsu Espiral, aí... seria DNA do Hashirama + Shikigami no Mai + Sharingan. Fū e Torune poderiam ser controlados também.
Por fim, o Obito ainda teria Gedou Mazou e 7 Bijūs à disposição com Fūinjutsus e enorme poder destrutivo. Mesmo sem o Kabuto, o Uchiha seria um problemão, pelo menos até o Naruto controlar a Kyūbi por completo (mais difícil sem a presença do verdadeiro Madara). E ele poderia ter alguma dificuldade com os 5 Kages também. De resto, no máximo Kakashi e Guy mesmo.
Porém, some a colaboração total do Sasuke a essa equação e aí sim que as coisas ficariam problemáticas para o lado da Aliança Shinobi. O jovem Uchiha iria evoluir cada vez mais durante a guerra, poderia ajudar o Obito a controlar as Bijūs, poderia vir a conseguir revesti-las com o Susanoo. Claro, isso se o Obito soubesse o que Madara fez no passado para repassar a ideia para o Sasuke. De qualquer forma, essa dupla de Uchihas poderia ser bem perigosa. Ainda assim, o Naruto poderia salvar as coisas com o Kotoamatsukami.
Obito acabaria perdendo no fim de tudo, independente do quanto conseguisse avançar sem o Kabuto.