Pain tá muito acima de qualquer coisa pré-Madara.
Vamos ver, Ninjutsu sem Senjutsu é inútil. Aliás, até jutsus sábios podem ser absorvidos pelo Gakido, então esqueçam Amaterasu, Suitons, Katons, Magatamas e cia (se é que o Itachi vivo tem chakra pra usar tanto nin numa só luta). O único Ninjutsu que pode vir a funcionar é o Daikoudan, mas um embate Daikoudan vs. Gakido parece uma incógnita. Do mesmo jeito que o jutsu do Kisame absorve chakra, Pain cria um campo de força ao redor de si, então não se sabe se o caminho teria seu chakra absorvido ou não. E também não se sabe se é possível absorver uma técnica que absorve chakra.
Taijutsu contra o Ningendo ou Jigokudo é suicídio, visto que ambos tem hit kill em caso de contato físico.
Genjutsu, sem comentários. O Rinnegan fornece resistência até mesmo a um Gen que pode atingir toda humanidade.
Pouca gente até essa altura do campeonato tem poder pra destruir um Chibaku Tensei ou sobreviver a um Chou Shinra Tensei bem no epicentro. A dupla da Akatsuki não está nas exceções. Fora isso, tem o caminho animal que joga uma Kuchiyose atrás da outra, obrigando a dupla a suar muito. E como o chakra do Nagato é absurdo, seriam MUITAS invocações.
Se usar o Susano'o pra defender o Kirin já levou o Itachi quase ao limite (e aliás, o Susano'o muito provavelmente foi destruído com o Espelho da Falácia), imagina o que um Shinra Tensei com a mesma potência que dizimou Konoha? E focado apenas em quebrar todos os ossos da dupla, não em destruir uma área gigante?
O mesmo pro Kisame, um Hirudora deixou ele bem enfraquecido, nem imagino o estrago que um CST faria. Apesar de que ele ter sobrevivido sem Susano'o ou algum manto foi um grande feito.
Pain com intenção de matar, diferente do Pain bundão e nerfado da luta contra o Jiraiya ou Naruto dá pelo menos 6 ou 7/10 contra a dupla.