Há vários outros jutsus que só foram utilizados uma única vez sob circunstâncias especiais e praticamente todos consideram sem pestanejar. Budah do Hashirama, GKF do Tobirama, Kirin do Sasuke, Yata do Itachi, Izanagi do Madara, Gama Rinshou do Jiraiya, o próprio Izanagi do Obito e a lista continua...
É que o jutsu que tu citou, naquelas proporções, foi usado pelo ninja em questão exclusivamente num momento de surto, então não era um recurso no qual possuía total controle, um caso parecido com Karin e Kongō Fūsa e Naruto Kyūbi antes de treinar com Bee.
E mesmo pós treinamento com Madara e experiência nunca conseguiu repetir o feito, contra na invasão de Konoha não foi utilizado, na Quarta Guerra até foi só que de forma modesta... Então creio que o Mokuton era algo que Obito não possuía muito controle e por isso foi descartado para as batalhas, como Minato fez com o SM. O mangá, inclusive, o põe muito abaixo do Hashirama neste aspecto, com efeito, apenas Madara era capaz de utilizar Mokuton em larga escala capaz de restringir o poder das Bijū.
"A prisão de Mokuton dele, Madara, é igual a do primeiro Hokage[...]" A Bijū fez uma boa análise, já que as prisões absorveram o chakra do Modo Kurama e paralisou o Gyūki. Em contrapartida, o Mokuton do Obito não teve absolutamente nada contra o Naruto, ainda que lidando só com seu manto de chakra.
Concluí-se que a distância do Obito para Madara e Hashirama neste aspecto algo como do céu pra terra.
O problema é que o poder da Bijū vai ser drenado pelo poder do Mokuton, que é counter de Bijūs. Killer Bee seria enfraquecido e suprimido ao limite. Mesmo o Mokuton do Yamato era capaz de suprimir Bijūs (não só Bijūs, como também chakra comum), apenas não era tão forte quanto o de Hashirama. Obito não deve ser pior do que o Yamato.
Não seria um absurdo considerar, mas estamos entrando para um campo muito especulativo. Partindo dessa premissa, o Orochimaru e Danzō também seriam capazes de suprimir o poder das Bijū, afinal também adquiriram o Mokuton, mas tanto mangá quanto DB deixam claro que nem todos usuários da KG alcançaram este nível. O próprio Yamato é considerado no DB como incomparável, ele foi "a experiência" de maior êxito com o Mokuton exatamente por ser capaz de replicar algumas técnicas do Shodai. Contudo, não era qualquer galho que parava o Naruto, Yamato só era capaz de suprimir o chakra Bijū através do Jutsu Kakuan Nitten Suishu que requer todo um ritual. Obito não mostrou este nível de Mokuton.²
Só se você estiver falando de Manto Nível 1-2. Mas neste nível, Killer Bee não conta com ofensiva eficaz para lidar com o Obito, já que não possui Bijūdama.
Bee possui Bijūdama neste Modo, já que é uma versão condensada do Modo Hachibi, e considerando o Naruto 4 Caldas fazendo isso inconsciente, fica bem óbvia essa questão. Ainda assim, seria um desafio complexo para ele devido a Intangibilidade.
Obito é subestimado, especialmente para um Uchiha.
Izanagi (10 minutos de literal imortalidade e não é qualquer um que força ele a usar), Mokuton (versão mais brutal, counter de Bijūs), Intangibilidade, Barreira de Katon... isso no mostrado, o poder dele existe, só ficou disperso.
Ele não é subestimado, mas seu poder ofensivo naquela fase era modesto, Kishimoto quis explorar muito mais o Kamui que qualquer outro recurso seu. Izanagi lhe garante uma ótima defensa por alguns minutos, mas não o fará ter poder pra suplantar as defesas de chakra do Hachibi, muito menos Bijū Mode.