@Sasuke1. Se é funcional para outras coisas além de Genjutsus do Sharingan, eu não sei, mas ficou explícito que esse método mencionado pela Chiyo é o que ela usava para enfrentar Uchihas, logo, se encaixa no que o tópico pede.
2. Pelo que eu entendi, o Genjutsu do Sasuke não funcionou no Deidara. Parece que o método dele consiste em assistir a luta com o olho direito, deixando-o exposto aos Genjutsus e, depois, com o olho esquerdo, ele verifica se a imagem que ele viu é real ou falsa. Neste caso do Sasuke, em específico, pareceu acontecer isso:
Spoiler :
No penúltimo quadrinho, o Deidara percebe estar no Genjutsu; no quadrinho seguinte e naqueles que seguem posteriormente, ele está apenas fingindo 3. A eficácia varia com o nível do Uchiha que ele estiver enfrentando, obviamente. Porém, mesmo o Sasuke, quando já era muito mais forte do que quase todos os Uchihas da história, além de usuário do Mangekyou Sharingan e do Susanoo, foi incapaz de seguir seus movimentos perfeitamente, quem dirá aplicar um Genjutsu, acha mesmo que um Uchiha qualquer é capaz de fazer isso? Obviamente, não.
4. Os Uchihas são famosos pelos Genjutsus visuais do Sharingan, o "olho no olho", não pelo Izanagi e Izanami, que fogem à regra. Mesmo Obito, que não apenas era um Uchiha, como também usuário do Izanagi, levou algum tempo para perceber que o Danzou estava usando essa técnica. Sasuke, que é Uchiha, sequer sabia da existência desses dois Genjutsus. Não sei se o Kabuto conheceria Genjutsus deste nível.
A efetividade de cada um desses métodos é alta, simples assim. Se não fosse, nenhum dos seus usuários perderia tempo desenvolvendo esses métodos. Digamos, não é porque o Itachi conseguiu derrotar o método do Kabuto, ao custo de um dos seus olhos, vale dizer, que qualquer outro Uchiha conseguiria fazer o mesmo. Sasuke, por exemplo, não conseguiria até aquele ponto e ele era facilmente um dos Uchihas mais fortes da história naquele ponto. Uchihas poderosos? Madara, Obito, Shisui? Todos esses aí são fora da curva, não é porque esse seleto grupo de Uchihas é capaz de lidar com um ou mais desses métodos que estes métodos em questão são falhos ou pouco efetivos contra o clã como um todo. Inclusive, é justamente isso que é mencionado quando Kakashi, Chiyo e os outros estão enfrentando o Itachi. Imediatamente após a anciã explicar ao Naruto como combater o Sharingan, o Kakashi diz que com Itachi era diferente, pois ele era usuário do Mangekyou Sharingan e pouco depois eles também descobrem que o Uchiha podia lançar Genjutsus através dos dedos.
Se analisarmos apenas como espectadores, é claro que todos esses métodos vão parecer falhos ou pouco efetivos. Por que? Porque estamos considerando que o Itachi ou outro Uchiha prodígio foi capaz de combatê-los. Se analisarmos do ponto de vista dos personagens, ficará claro que os Uchihas capazes de combater esses métodos se resumem aos melhores e não ao clã como um todo (e este foi o alvo daqueles que desenvolveram esses métodos, se não foi, os englobou por consequência).