Impossível de derrotar.
Mas foi uma boa jogada do Kishimoto. Ao que parece, Obito teve seu corpo reestruturado por completo, isso tirou a Acesso ao Mangekyo mas sumiu com a marcação do Hiraishin. Não foi tão ruim assim.
Isso considerando que ele perdeu por fator emocional, e não por questões de poder.
O Chakra do Mangekyo é bastante "Específico", com o Descontrole de Obito, ele não soube como manter os poderes do Sharingan. A Reestruturação do Corpo afetou todo o corpo de Obito, inclusive seus olhos.
Já Madara não, ele estava com o Sharingan do Kakashi quando se Transformou, então isso não afetou em nada o Olho, por isso pode usar o Kamui Normalmente.