Teoricamente ninguém, se koto pudesse ser quebrado com controle de chakra Itachi não teria caído nele quando tava como edo tensei o jutsu literalmente reescreveu a ordem do "emissor", na vdd tsukuyomi que já é de um nível abaixo dele não pode ser quebrado, detalhe que o koto do Danzou foi descoberto não pq o chakra do mifune tava alterado e sim pq o chakra do shisui ficou visível no Danzouz o que já demonstra que provavelmente nem tem alteração no fluxo do chakra (o que torna inviável Jinchuurikis perfeitos saírem tbm)
Única dúvida que fica é realmente sobre usuários de rinnegan e talvez byakugan (eu sempre tive dúvida de saber como o byakugan funciona contra genjutsu ao menos, e tirando o MT não lembro de usuários do Byakugan caindo em gen), embora o método de recebimento do koto nem sequer é "ocular", está mais para aplicação igual izanagi e izanami
Eu acho koto o maior hax de Naruto, e é tão hax que inventaram uma limitação doida de só usar de 10 em 10 anos
Mas mesmo com essa limitação Shisui só por ter o jutsu já tem potencial pra ser shinobi mais forte da história de konoha
Sobre os métodos de burlar eu só vejo como burlar com alguém ludibriando shisui com clones ou coisas do tipo, acho que nem jikukan seria efetivo pq não lembro de ninguém "desviando" de genjutsu assim