O Naruto ainda tem Modo Rikudou sim, pelos seguintes indícios e motivos:
1 - Os olhos, que mesclam as pupilas de Kurama e do Modo Sennin, mas sem ter a maquiagem senjutsu ao redor, são indicativos do Modo Rikudou;
2 - O Modo Rikudou é na verdade uma forma de senjutsu, ou seja, um Modo Sennin muito avançado. O próprio Madara confirma isso quando menciona que Naruto está usando o "Senjutsu dos Seis Caminhos";
3 - O Modo Rikudou é principalmente um aprimoramento mental, fazendo que o usuário saiba instintivamente como fazer qualquer coisa;
4 - O jutsu de vôo é possível apenas no Modo Rikudou, e Naruto é visto voando no ep. 40 e poucos de Boruto;
5 - O "Modo Rikudou" que foi popularizado é na verdade a combinação do Modo Rikudou e do Modo Kurama, sendo o Modo Rikudou não muda a aparência do usuário (com exceção dos olhos);
6 - A aparência dos Mantos de Chakra, na verdade, não é imutável, já que tiveram diversas mudanças em seus designs entre Shippuden, The Last e Boruto;
7 - Se, devido a perder o Selo Yang, se tivesse perdido o poder que Hagoromo lhe deu (Modo Rikudou), Sasuke, por ter perdido o seu poder de Hagoromo (Rinnegan) também, já que tbm perdeu o Selo Yin.
Todos estes indícios provam que Naruto possui sim o Modo Rikudou, e inclusive é visto com frequência em Boruto.