Particularmente, eu não sou muito fã deste tipo de crossover justamente por ser complicado misturar os universos de tal maneira. No entanto, acredito que a melhor forma seria analisar quais critérios definem o vencedor de uma batalha (o mais forte, o mais rápido, etc.) dentro de um universo para só então misturar isso com os outros universos.
Exemplificando, em Dragon Ball, o personagem que possui o maior Ki ou poder de luta que será conhecido como o mais forte, o mais rápido e o mais propenso a vencer uma batalha; este é o padrão do universo da obra e os personagens que não se encaixam são apenas exceções. Por outro lado, em Naruto, vence o ninja com o melhor conjunto de habilidades que podem lhe render a vantagem sobre o adversário, de forma que o Chakra (equivalente ao Ki em Dragon Ball) nem sempre irá definir o vencedor.
Para analisar um combate entre os personagens de ambas obras, seria necessário misturar os critérios que definem o vencedor em ambas obras. Por exemplo, pela “regra” de Dragon Ball, o Goku será mais forte, mais rápido e mais resistente do que o Naruto por ter mais Ki do que o ninja tem de Chakra, no entanto, isso por si só não definirá o resultado do combate pela “regra” do universo ninja.
Já coisas mais específicas como força física, velocidade, etc. pode ser mais simples. Seria possível se basear nas medidas universais… a velocidade do som, da luz, quilômetros por hora, quilos, etc. É bem comum que os autores coloquem algo assim em suas obras, dizendo que um personagem é tão rápido quanto o som ou coisas do tipo.
Enfim, o mais importante de tudo deve ser possuir um bom conhecimento sobre as obras que deseja analisar.
