O primeiro a se confirmar é o seguinte, você está teorizando que existe uma organização na floresta como nas outras regiões. O que de fato não há confirmação. O segundo a se confirmar é ler o que está escrito: Lugar onde as criaturas invocadas pelos três shinobis lendários residem. Isso já confirma que é o lugar onde eles moram. O terceiro a se confirmar é que independente de ser uma região eremita, nenhum dos que tiveram contatos com a única criatura residente do local teve citação de energia sábia. Então tudo é especulação. Agora vou responder suas perguntas.
1-Possivelmente não existe um líder exato nesse local, é dito como lar das lesmas, mas confirmar que existe uma organização complexa é headcanon.
2-Não existe modo sábio do local/criaturas, já que não há confirmação nenhuma de mesmo sendo uma região eremita, dispor de um modo sábio. Qualquer coisa além disso é especulação das brabas.
3-Elas não dominam senjutsu por não precisarem, elas usam uma técnica que para elas é melhor que qualquer senjutsu, exceto de: Naruto/Hashirama. Todas as variações do Selo das Cem Forças que os "fãs" das kunoichis esquecem: Arte Ninja da Regeneração da Criação — Técnica das Cem Forças; Regeneração da Criação; Selo Yin: Liberar. Algumas dessas variações, se não todas, são superiores a todos os modos sábios que você imaginar, exceto os que eu falei acima e obviamente formas Deus Ex Machina que existem utilizadas por Madara, Naruto, Obito, etc. Vou dissertar mais sobre isso.
Agora vamos destrinchar e o que temos apresentado em obra e vamos confirmar o que é este selo, começando pela primeira "variação" apresentada o Selo das Cem Forças e vamos seguindo até a última:
Selo das Cem Forças é o pináculo para a utilização das técnicas que vou dissertar mais a frente, e o principal ponto que já deixa equiparado com os Modos Eremitas mais "balanceados" é a sua idade. O fuinjutsu existe desde a época do Hagoromo de acordo com o apresentado em Boruto(O mangá) Capítulo 36. É conhecido como o AUGE DO CONTROLE DE CHAKRA e da uma capacidade de performar técnicas a níveis surreais, graças a quantidade de chakra que o selo pode fornecer. Outra ponto que mostra que o Selo é mais que uma técnica comum, e provavelmente é a arte da floresta, o selo tem uma ligação com a Katsuyu e só quem utiliza o selo pode invocá-la(Naruto Capítulo 637 confirma a ligação com o selo, o que deixa claro que é uma ligação com uma criatura até então eremita).
Vamos tratar agora de duas técnicas de uma vez, já que foram apresentadas juntas. Regeneração da Criação e Selo Yin: Liberar. A primeira coloca o usuário em um estado de imortalidade enquanto tiver chakra e suas células conseguirem se dividir para regenerar, ou seja, só isso está além de qualquer Modo Eremita imperfeito e é uma capacidade que nenhum Modo Eremita demonstrou sem auxílios externos. Nesse estado a Tsunade basicamente regenera-se de qualquer ferimento e não pode ser morta de forma alguma. O Selo Yin: Liberar, dispersa uma grande quantidade de chakra no corpo do usuário para ser utilizado ao seu bel prazer, isso de uma forma rápida, coisa que o Modo Eremita na maioria das vezes não dispõe. E agora vamos retornar a um dos conceitos básicos, chakra é a mistura de energia física mais energia mental. No momento que seu chakra aumenta essas energias aumentam, isso somado ao Kongoken permitiu que a Tsunade tenha um dos maiores feitos de força da obra inteira que é manipular uma espada que de acordo com os cálculos teriam cerca de 30 toneladas isso no mínimo e chutando baixo, podendo ser até umas 60 toneladas dependendo de como está balanceada. E você pode supor que ele fez ainda mais força que para levantar 30 toneladas, já que ela tirou a espada do chão, levantou acima da cabeça e enfiou na cabeça da cobra. Por si só não tem 1 Modo Eremita que faça isso ou chegue perto disso. E vamos prosseguir para a última forma e simplesmente uma das técnicas mais fortes de Naruto.
Arte Ninja da Regeneração da Criação — Técnica das Cem Forças, que basicamente é uma amplificação dos efeitos anteriores, o que deu capacidades alarmantes tanto para Tsunade quanto para Sakura. Então daqui não precisa nem falar muita coisa, Tsunade foi capaz de regenerar o ventre dela em segundos com essa técnica, foi onde ela demonstrou força para ir contra a defesa mais forte de Naruto. É importante frisar que a Tsunade é mais fraca que a Sakura utilizando essas técnicas, isso porque ela utiliza parte do chakra do Selo para manter ela mais nova, ou seja, sua técnica provavelmente tem menos chakra que a da Sakura. Essa técnica somada ao Kongoken mata qualquer shinobi com um ataque. Os aumentos atributivos são ainda mais alarmantes e tem feitos absurdos ao alimentar chakra para técnicas surreais. Velocidade, força, resistência aumentados, somado a uma regeneração injusta.
Ignorar que isso supre a necessidade de qualquer outro buff e tenha um uso ainda mais eficiente por poder ser ativado mais rápido em combate é simplesmente ignorar a essência das Kunoichis. Sou grande fã dessas técnicas e acho que os próprios fãs das Kunoichis subestimam demais ela, achando que elas precisam de um Modo Eremita. O primeiro ponto a entender é que elas são suportes e cumpriram o papel com perfeição e foram pináculos para manter a aliança shinobi de pé. Não vou me alongar mais, mas poderia, afinal a técnica da imensa rede de cura utilizada em conjunto com a Katsuyu supera qualquer feito de Jiraiya ou Orochimaru.