Olha, é uma teoria, nunca foi explicado.
Partindo do princípio de que, o Shin sabe fazer clonagem, temos duas opções mais plausíveis:
1- A partir de uma amostra de DNA do olho original, ele consegue cultivar novas células e reproduzir o órgão em si, um novo olhou.
2- Seguindo a mesma base a cima, ele cria um clone humano, o Uchiha que detinha o olho originalmente, retira os olhos e descarta o resto.
Outro fato que apoia esta teoria é a visão compartilhada deles, assim como Kakashi e Obito possuíam.
O olho possui a habilidade de telecinese de objetos/seres previamente marcado, e um jutsu espaço/tempo semelhante ao Kamui, porém muito mais limitado.