CT é Fuinjutsu, e Yata não serviu.
O Itachi não precisou depender do Yata em último caso porque ele duas máquinas de destruição jinchuurikis do seu lado! Isso não apenas permitiu ele destruir o Chibaku tensei em segundos, como também usar a cortina de poeira pra pegar o Nagato na Totsuka Sword.
O que é melhor, você esperar ser pego na técnica, pra só depois tentar burlar ela, ou burlar a tecnica antes?!
O Killer Bee tinha poder o suficiente pra destruir aquele planetóide sozinho se o Kyuubi oito caudas conseguiu, mas mesmo assim ele preferiu cooperar com o trabalho em equipe. Com o Itachi pode muito bem ser o mesmo caso, não?
Só um adendo; mesmo supondo que o Yata é inútil contra o CT em específico, isso não muda nada no que tange a sua resistência.