Eu vejo Naruto desde 2007 e vou dizer alguns motivos q fazia levar a crer que era o Madara.
1 - Quando a Kyuubi foi invocada em Konoha ela olhou pro Tobi e simplesmente chamou ele de Madara.
Confiram ai q vcs vão ver. So isso ja fazia ser extremamente improvável ser outra pessoa.
2 - Quando Jiraya fala que tinha um presentimento q Madara estava vivo apareceu o Tobi em cima da estátua do Madara.
3 - A parte do rosto q ele mostrava era justamente a q estava amassada, ou seja, pra quem via aquilo simplesmente pareciam rugas que o Madara teria se estivesse vivo.
Fora o detalhe daquela olheira do Madara.
4 - Ele tinha conhecimentos que só Madara poderia ter, sobre a era dos clãs e etc...
5 - Justamente parecia obvio que podia ser tb o Obito, dai parecia q Kishimoto queria induzir as pessoas ao erro: Kamui, um Sharigan apenas, Tobi/Obito e etc...
6 - Obito era um idiota no Gaiden, as coisas q ele faziam pareciam ser do Madara mesmo.
Enfim, tinha varias outras coisas.
Ou seja, quando vc juntava as pistas obvias (mais bobas) dai parecia o Obito, mas quando tu pegava as pistas menos obvias dai parecia o Madara, então parecia q o Kishimoto queria induzir o povo ao erro fazendo o pessoal ir pelo obvio.
Pra mim só ficou parecendo q n era o Madara quando Kabuto falou pro Obito: "Ou Madara, que é como você vem se chamando esses tempos." E como o Kabuto tinha puxado aquele caixao misterioso que assustou o Obito entao pensamos que era o Madara, e q por Kabuto ter descoberto o corpo do Madara ele sabia a verdade