Resgate do Kazekage
Não acho que os Sannin poderiam ter sido muito melhor aproveitados do que o mangá mostrou. Os inimigos não eram tão poderosos ao ponto que mesmo um Gaara como Kazekage inexperiente e outros personagens abaixo do nível Kage não sofreram horrores para derrotar, não menosprezando o Deidara e o Sasori, é claro! Ainda assim, só consigo ver os Sannin sendo aproveitados em forma de flashbacks.
Jiraiya: Poderiam haver mais flashbacks do treinamento do Naruto com o Jiraiya através dos pensamentos do próprio Naruto nas várias situações de combate que ele esteve.
Orochimaru: Poderiam muito bem incluir um flashback do combate entre o Orochimaru e o Quarto Kazekage através dos Anciãos da Vila da Areia.
Tsunade: Poderiam haver mais flashbacks dela treinando a Sakura e sobre os feitos em combate dela durante a Segunda Guerra, mostrando como ela superou os venenos da Chiyo.
Reencontro com Sasuke
Novamente, acho que a presença dos Sannin foi o suficiente. O Orochimaru, na prática, estava enfraquecido tal qual na Parte I, por outro lado, o Jiraiya e a Tsunade estavam em suas formas plenas, certamente que qualquer um deles poderia derrotar o Orochimaru nestas condições pelo contexto da história e se o Kishimoto não tinha objetivo de fazê-lo ser derrotado pelos seus companheiros, fez bem em não mostrar mais deles neste arco.
Dupla Imortal
Já aqui eu acredito que eles poderiam ter sido um pouco melhor aproveitados, mas nada grandioso. O Jiraiya poderia ser incluído no treinamento do Naruto para criar o Rasenshuriken, mostrando que ele também tentou, mas falhou, seria até uma boa oportunidade para um flashback envolvendo o treinamento do Jiraiya com o Minato.
Quanto à Tsunade, acho que ela poderia entrar no combate contra o Kakuzu. Seria interessante ver a interação da Hokage com outro ninja que enfrentou o avô dela. Além disso, seria uma boa oportunidade para mostrar como ela lidaria com um adversário versátil como o Kakuzu. Por fim, eu iria expandir a força da Tsunade para estraçalhar o Domu na base da força bruta e ela seria responsável por acabar com o terceiro coração do Akatsuki. Deixaria claro que a Tsunade poderia dar conta do adversário sozinha, mas passaria o bastão para o Naruto finalizá-lo com o Rasenshuriken.
O Orochimaru já havia antagonizado o arco anterior, então sem necessidade de aproveitá-lo ainda mais.
Busca por Itachi
O Jiraiya enfrentaria o Pain, então eu não mexeria muito no que ficou do original, no máximo mostraria mais do combate dele.
A Tsunade, ainda que ela não tenha sido muito bem aproveitada aqui, eu também não mexeria. Ela já teria tido um momento de destaque contra Kakuzu e os antagonistas (Deidara/Itachi) deste arco foram adversários do Sasuke, não de Naruto e Konoha. A melhor forma de aproveitá-la seria ajudando o Jiraiya na batalha contra o Pain, mas ela salvou 4 Kages de uma morte contra o Madara, seria muito forçado ela não conseguir salvar o Jiraiya contra um único adversário muito menos poderoso.
Orochimaru foi bem aproveitado, eu diria. Enfrentou o Sasuke, enfrentou o Itachi, teve flashbacks, foi citado por outros personagens durante todo o arco, eu no máximo tentaria fazer o combate dele contra o Itachi como algo mais para o nível deles mesmo, com o Orochimaru usando o Yamata contra o Uchiha e ainda assim sendo superado e forçado a fugir para sobreviver.
Invasão de Pain
Com Jiraiya e Orochimaru mortos, a Tsunade seria a única dos Sannin a receber destaque. Aproveitaria ela em um combate parelho contra a Konan para mostrar quem é a kunoichi mais forte do mundo e ainda entregaria um breve combate dela contra o Pain, que compararia ela com seus companheiros mortos.
Guerra - Fim
O Jiraiya seria revivido pelo Edo Tensei e enfrentaria o Naruto. Única forma que vejo dele ser bem aproveitado, mas seria difícil fazer uma segunda morte tão impactante, então talvez eu não seguisse por esse caminho.
Tsunade poderia ter sido mais aproveitada em um combate contra o Quarto Raikage ou qualquer outro Edo Tensei nível Kage que apareceu. Mas neste arco em si, o aproveitamento dela até que foi satisfatório em comparação aos personagens de mesma relevância na obra que ela.
Orochimaru poderia entrar em um novo combate contra o Sasuke, o terceiro e definitivo, mas não vejo como ele poderia ter sido melhor aproveitado, acho que também foi satisfatório.