Dúvida sobre a kaguya

Ela é responsável por todas as kekei genkais que conhecemos na série ou antes dela chegar os habitantes do planeta já tinham as suas linhagens sanguíneas avançadas só não sabiam usar?

Antes dela chegar os humanos não sabiam sequer manipular o chakra, muito menos utilizar KGs.
Aliás quem criou o Ninjutsu como usam os ninjas modernos foi o Indra.

Então não.
Antes dos Otsutsukis, os humanos mantinham uma quantidade pequena de chakra, apenas para mantê-los vivos, afinal é a energia vital de todos os seres.

Nem lembrava desse Tópico kkkk
Ps: talvez tenha alguma informação no mangá de Boruto?

Sem chakra sem KG.

Mas chakra já existia antes da kaguya