Eu até que mudaria bastante coisa, mas tentaria seguir o fluxo criado pelo Kishimoto
→ Ichibi — Gaara.
Eu não vejo muito o que mudar no que diz respeito à captura do Ichibi, mas alteraria algumas coisas no resto do arco, como Kankurou e Temari sendo importantes nas batalhas finais contra o Sasori e o Deidara, respectivamente, além do Time Gai servindo de suporte para os dois combates ao invés de enfrentarem suas cópias em cenas offscreen. Neji e Rock Lee ajudariam Sakura, Chiyo e Kankurou no confronto contra o Sasori, enquanto Gai e Tenten ajudariam Naruto, Kakashi e Temari no confronto contra o Deidara. Sasori seria morto, Deidara conseguiria escapar com vida, mas ficaria fora de batalha por um bom tempo.
→ Nibi — Yugito.
O mangá vive dizendo sobre como uma vila enfraquecida corre o risco de ser atacada por outras vilas, mas isso nunca aconteceu na prática. Uma ideia seria a Kumo, agora vila mais poderosa depois de Konoha ainda estar se recuperando dos ataques do Orochimaru, tentar lançar ataques sobre a Suna, sem Kazekage (pensariam estar morto) e sem Jinchuuriki, sob o pretexto da vila do País do Vento estar criando uma aliança com o País do Fogo. A Yugito poderia ser enviada em uma missão para confirmar essa hipótese. Mas seria repetitivo se Sunagakure e o País do Vento fossem o palco das batalhas uma segunda vez seguida, então a Yugito seria surpreendida com o Gaara ainda vivo e poderia exigir que ele fosse para Kumo para sua vila entender como ele está vivo mesmo sem uma Bijuu e o Kazekage poderia ir de bom grado para mostrar que a Suna não estava tramando com Konoha para dominar as outras vilas, além de alertar o País do Relâmpago sobre a ameaça que era a Akatsuki.
Ao mesmo tempo, a Konoha estaria buscando pelo Orochimaru e pelo Sasuke através da dica do Sasori, como no original. E para ligar todos à trama, o Sasuke poderia estar em um dos esconderijos do Orochimaru localizado no País do Relâmpago, que teria o melhor ambiente para dominar Raiton, no caso, ele ainda estaria tentando dominar o Kirin. Dessa forma, todos os personagens relevantes para o arco vão terminar no mesmo local.
O Novo Time Kakashi seguiria um caminho muito parecido com o original, enfrentando Kabuto e Orochimaru, depois o Sasuke, que teria acabado de dominar o Kirin. O ponto que ligaria o Naruto aos outros Jinchuurikis seria quando estivessem voltando pra Konoha depois de serem derrotados pelo Sasuke. Ele cruzaria o caminho de Yugito e Gaara no País do Relâmpago quando estes dois estivessem sendo atacados pela Akatsuki, antes mesmo de chegarem em Kumogakure. O Novo Time Kakashi estaria exausto por enfrentar Orochimaru e Sasuke, enquanto Gaara ainda não teria se recuperado totalmente por voltar da morte e estar sem seus poderes Jinchuuriki, então apenas Yugito enfrentaria os Akatsukis, sendo derrotada e capturada pelo Hidan. Isso poderia deixar Naruto revoltado e ter objetivo de proteger os outros Bijuu e Jinchuuriki contra a Akatsuki, já servindo de gancho para o próximo arco envolvendo o Sanbi.
→ Sanbi
Konoha e Suna iriam saber que a Akatsuki está capturando os Bijuus pelo número de caudas em ordem crescente, então saberiam que o próximo alvo é o Sanbi, que seria o alvo do Kakuzu. Não vejo necessidade do Sasuke participar deste arco, tal como o original, mas seria possível encaixá-lo através do Suigetsu querendo as espadas dos Sete Espadachins da Névoa, no caso, ele mataria o Orochimaru neste arco mesmo e já começaria a formar a Hebi daqui. O palco das batalhas neste arco seria o País da Água. A ideia do arco seria uma missão para alertar a Mizukage sobre a Akatsuki e assim proteger os Jinchuuriki. Os enviados para missão poderiam ser Sakura, quem mais viu a Akatsuki em ação além do Naruto e por ser médica, Sai, seu parceiro de time, além de Shikamaru, com seu intelecto genial para relações diplomáticas, e Asuma, ninja respeitado não só pela força, mas por também ser filho do Terceiro Hokage e líder do Shikamaru. Naruto ficaria em Konoha com Kakashi e Yamato para o treinamento do Rasenshuriken.
A Mei provavelmente iria colaborar com Konoha porque eles já teriam desconfiança sobre o Mizukage anterior ter sido controlado pela Akatsuki, além de conhecerem o Kisame, então o Jinchūriki do Rokubi seria enviado para um local secreto, enquanto Kirigakure iria fazer esforços para encontrar o Sanbi antes da Akatsuki, Konoha ajudaria. Ao seria responsável por liderar a busca com seu Byakugan e Chōjūrō também participaria. Eles iriam localizar o Sanbi antes da Akatsuki, mas perceberiam que a dupla imortal está indo capturá-lo e tentariam impedi-los. A estratégia seria parecida com aquela onde tentaram matar o Hidan furtivamente para depois acabarem com o Kakuzu. A imortalidade do Hidan (que estaria bem upado) atrapalharia os planos e o imortal iria segurar todos para o Kakuzu derrotar o Sanbi sem interferência. Sanbi seria capturado, Asuma seria morto e o fim do arco seria aquela vingança do Shikamaru sobre os imortais. O Time 10 derrotaria o Hidan na base da estratégia. Kakashi, que teria ido apoiar o Shikamaru junto com Sakura e Sai estariam enfrentando o Kakuzu. O final seria com Naruto e Yamato chegando para salvá-los e derrotando o Akatsuki com o Rasenshuriken.
→ Yonbi/Gobi
O próximo arco seria no País da Terra, local onde os próximos alvos da Akatsuki estão localizados. Aqui Sasuke volta pra história, ele saberia de algum jeito que Itachi está/está indo para o País da Terra em busca do Yonbi, que é o alvo do Kisame, e iria atrás dele. Konoha teria objetivo de avisar Iwagakure sobre a Akatsuki, mas por saber que Sasuke e Itachi estão perto de lá, tentariam capturá-los também. Além disso, Jiraiya conheceu o Jinchūriki do Yonbi e ouviu dizer que ele se tornou um eremita, então apenas avisar Iwa sobre a Akatsuki não adiantaria, eles precisariam encontrar o Jinchūriki e avisá-lo diretamente. A equipe de busca de Konoha seria formada pelo Time 7 e pelo Time 8, que é especializado em buscas. Por fim, o Deidara também estaria no País da Terra para capturar o Gobi, que seria o antigo alvo do Sasori.
Os times de Konoha conseguiriam encontrar o Rōshi. Seria legal ver a interação dele com o Naruto, o Jinchūriki da Kyūbi que ele queria enfrentar, além de ser a cara de um antigo inimigo. Só que Rōshi é dito cabeça-dura como o Ōnoki, então não aceitaria ajuda, mesmo sob o Discurso no Jutsu do Naruto. Ele também é forte o suficiente para se livrar ou fugir dos ninjas de Konoha se tiver vontade. Em qualquer caso, ele terminaria sendo encontrado por Kisame e derrotado como aconteceu no mangá. O foco de Konoha mudaria para rastrear Itachi ou Sasuke, além de avisar Iwa sobre a Akatsuki.
Já sobre o Deidara, ele deixaria de buscar seu alvo para enfrentar o Sasuke como aconteceu no mangá. Seria morto do mesmo jeito, mas o Uchiha conseguiria extrair do Deidara a informação de que o alvo do Itachi era o Jinchūriki do Rokubi, então usaria a Karin para buscar a localização dele. Os times de Konoha acabariam incapazes de capturar Itachi ou Sasuke e apenas iriam alertar Iwa para esconder o outro Jinchūriki, mas Ōnoki seria muito hostil com eles e daria ordem para Han expulsá-los. Poderíamos ter um combate interessante entre o Jinchūriki do Gobi contra os times de Konoha… mas eles obviamente se renderiam.
Konoha confia que o Jinchūriki do Rokubi está bem protegido por Kirigakure, então a próxima missão deles envolveria o Shichibi.
→ Gobi, Rokubi e Shichibi
Com Deidara e Sasori mortos, o Gobi não tem mais um caçador. Kisame já capturou seu alvo e vai acompanhar Itachi na captura do Rokubi. O alvo de Konan é o Shichibi. Então o próprio Pain decide ir à captura do Gobi. Não iria revelar os poderes dele ainda, apenas mostraria que ele derrotou o Jinchūriki sem dificuldades.
Sasuke e o Time Hebi estão indo atrás do Rokubi e vão usá-lo para atrair o Itachi. O Jinchūriki estaria secretamente escondido no devastado País do Redemoinho, num local protegido por Fūinjutsus poderosos anti-rastreamento, apenas Tsunade e Mei sabem disso, mas os poderes de Karin são muito especiais e conseguiriam rastrear o Jinchūriki do Rokubi e desfazer o Fūinjutsu que o protegia. Eu iria fazer o Time Hebi sofrer muito pra vencer o Rokubi, isso com todos eles lutando juntos, mas Sasuke conseguiria derrotá-lo com o Kirin (essa parte do combate ficaria em offscreen). O Jinchūriki sobreviveria ao Kirin, mas seria nocauteado, então Sasuke usaria isso para atrair o Itachi mais tarde.
Quanto à Konoha, o Time 7 conseguiria encontrar a Jinchūriki do Shichibi e convencer ela de que precisava ser protegida. Seria possível criar um capítulo só pra mostrar a história dela, fazer uma amizade com o Naruto, etc. Mas no fim das contas, eles seriam rastreados pela Konan antes de voltarem pra Konoha. Konan seria poderosa o suficiente para derrotar o trabalho em equipe do Time 7 com a Jinchūriki do Shichibi que ainda não saberia controlar seus poderes, assim conseguindo capturá-la.
Ao mesmo tempo, teríamos o Jiraiya localizando o esconderijo da Akatsuki e enfrentando os Seis Caminhos de Pain, igual ao mangá, com a diferença da Konan não estar presente.
Em seguida, haveria a batalha do Itachi contra o Sasuke, igual ao mangá também. Sasuke não se importaria em entregar o Rokubi desde que pudesse enfrentar o Itachi, então Kisame levaria o Jinchūriki já derrotado para Akatsuki. Depois o Obito iria manipular o Sasuke e tals.
Hachibi e Kyūbi
A Akatsuki iria se reunir para decidir o que fazer em relação aos últimos Bijūs, que são os mais fortes. Obito decide que Pain e Konan devem ir pra Konoha, enquanto precisa testar as habilidades de Sasuke enviando-o para capturar o Hachibi. Enquanto isso, ele e Kisame, vão selar o Rokubi e o Shichibi recém-capturados.
Daí pra frente as coisas seguiriam de forma similar ao que aconteceu no mangá, com Sasuke falhando em capturar o Hachibi, com Pain invadindo Konoha, Reunião dos Cinco Kages e Quarta Guerra… claro que com diferenças para ajustar aos acontecimentos comentados. Mas no geral, consegui imaginar isso aí se fosse pra fazer arcos baseados na captura de cada Bijū.