Não coloquei Tsunade ou Sakura, porque Byakugou não faz parte das reservas naturais delas. É um chakra adicional. Não é como se por vários dias elas pudessem spammar jutsus ou praticarem o método de treinamento do Naruto.
O databook bate o martelo que chakra é igual estamina. Kushina sobreviveu a uma estação Biju e teve chakra para usar um jutsu de altíssimo nível. Ela tem muito mais chakra que o Naruto.
O próprio Nagato confirmou no mangá que Kisame tem mais chakra que ele. Contudo, se trata do Nagato raquítico, longe de sua saúde ideal, suportando e spamando jutsus em largas escalas de um doujutsu muito mais taxativo que o MS (tal que possui muitos efeitos colaterais). Nagato sem essas limitações, tem potencial de ter mais chakra que o Kisame.
Não considerei Sasuke versão Rikudou. Sua versão FMS, teve como grande feito o Susanoo Kazentai, porém, esse feito foi usando chakra da Kurama, o que aumentava a recuperação e em muito a escala e potência dos jutsus. O FMS apenas acaba com os efeitos colaterais das técnicas do MS em si, que aumenta as reservas ou nível de chakra do usuário é apenas especulação.
Madara é o top 2 por causa Susanoo Tengu e obviamente dias lutando contra Hashirama com jutsus de larga escala.