Ele está errado, Kabuto não controla de forma manual o edo tensei quando os olhos escurecem. Na verdade quando isso acontece o edo tensei perde a personalidade e age literalmente como um robô, seguindo ordens, mas é ele que decide o que fará para executar a ordem.
Algo parecido aconteceu na batalha do Hiruzen com os edos Hashirama e Tobirama, não era o Orochimaru ditando qual jutsu eles deveriam usar, o Orochimaru apenas deu a ordem, matem o Hiruzen e os dois edos foram para cima com zero sentimentalismo.
As frases do manga que ele pegou para dar base na teoria dele, foi tirada de contexto. Se pegar a frase completa é:
"Maldito Nagato... Como eu temia ele não conseguia se mover direito...".
"Achei que seu campo de visão compartilhado graças a kychyose do rinnegan seria o suficiente para compensar isso...
"Mas as técnicas de kunai de Itachi conseguiram ver até os pontos cegos".
"E claro, não pude desviar daquilo".
A forma como ele se refere ao Nagato é mais como um carro, isso é, ele não conseguiu dar ordens para o Nagato desviar daquilo. Kabuto consegue projetar sua personalidade como fez com Muu, mas não confunda aquela cena com o fato dos olhos do edo ficar preto, ele mesmo explica que existem duas formas de usar o edo, com a personalidade, e que isso era vantajoso em alguns casos e sem a personalidade onde o edo age como um robô.
No caso Kabuto conhecia as habilidades de Nagato e em certos momentos da luta ele poderia ter dado ordens como "Arranque a alma de Naruto!", "invoque o rei do inferno"... Mas a maioria do tempo era Nagato como robô seguindo uma única ordem que era "derrote Naruto e Killer Bee".
E ele também cita no video que Nagato no começo da luta quando estava conciente, estava lutando mal. Ai ele errou feio, a personalidade do Nagato só estava atrapalhando, pois ele alertava para o Naruto tomar cuidado quando ia atacar, esse foi um bom motivo para Kabuto ter desligado a personalidade do Nagato.
Itachi estava fazendo a mesma coisa, ele alertava o Killer Bee, para tomar cuidado com os olhos e quando ia ataca-lo por trás. Logo não da para comparar aquela luta onde eles estavam sendo forçados com uma luta de verdade onde eles tem intenção.
Concluo dizendo que se dessem um par de rinnegan para o Kabuto e fizessem ele enfrentar o Nagato, apenas usando habilidades do rinnegan ele perderia feio, Nagato é muito mais experiente que ele.
Quanto ao rank de usuários de rinnegan de Naruto:
1° Hagoromo
2° Nagato
3° Madara
4° Sasuke.
5° Obito.
E na parte que ele fala sobre o fato do Nagato ser melhor em rinnegan, por causa que os outros possuem outros poderes que compensam ou até ultrapassam os poderes do rinnegan, concordo em partes.
Madara e Sasuke possuem muito chakra, se for considerar ninjas normais, até mesmo entre os Uchihas eles são acima da média. Mas não chegam a 1/5 do que um Uzumaki tem, logo eles precisam escolher bem quais jutsus vão usar, pois não conseguem fazer igual o Nagato de separar os 6 poderes em 6 corpos diferentes e usar em sincronia.
Mesmo Obito com celulas do Hashirama, não utilizava os poderes que ele conhecia do Rinnegan, pois como é apontado por Kakashi, só de usar o poder para ativar os 6 corpos já demandava muito chakra, se ele usasse completamente os poderes, não sobraria chakra para o Kamui.
Se Sasuke ou Madara lutasse como o Nagato, eles aguentariam menos tempo e teriam que abandonar técnicas poderosas como o Susanoo tengu ou o Amaterasu. Sasuke ao usar o Amenotojikara 2 vezes já fica arriado.
Logo Nagato além de possuir mais tempo de experiencia, também possui o chakra necessário para usa-los.