Acredito que no caso de Boruto, Kawaki e Jigen, aqueles são chifres de como eles seriam se eles fossem o Ootsutsuki. Caso Momoshiki ou Isshiki terminem de possuir o corpo de seus respectivos receptáculo após 100% de extração do Karma, o corpo será remodelado perfeitamente a imagem deles, como aconteceu com Jigen.
Quanto ao Isshiki do anime e o do manga, acredito que eles realmente tentaram desenhar o mais próximo possível, só não conseguiram, então tem mais haver com uma falta de habilidade do animador.
Outra coisa é que Madara e Obito também tinham chifres, e eles não eram iguais, nem mesmo eram parecidos com o da Kaguya.
Concluindo, os chifres são mais como uma amostra de que aquele ser esta Ootsutsukificado e pode variar para cada ser.