Desses 3 fica entre Itachi e Minato, já que esses dois sempre foram retratados como estando um nível acima do Kakashi (Talvez 2), lembre-se de que quando Itachi ingressou na ANBU sob o comando do Hatake já era mais forte que o próprio, sempre foi dito como um prodígio inigualável por todo o Clã Uchiha, Hiruzen, Danzo, Kakashi, era o primeiro de sua classe etc., e Minato também tem mais hype que o Ninja copiador, tem Jiraya e Tsunade dizendo que Minato era um prodígio, capaz de desenvolver e dominar vários jutsus difíceis, foi cotado e ganhou o cargo de Hokage, também foi o primeiro de sua classe.
Kakashi foi um prodígio bom, mas não no nível desses dois.
Agora para resolver esta disputa, temos que analisar os fatos...
Itachi:
1 - Despertou o Sharingan aos 8 anos de idade e pouco tempo depois sua roda ocular estava completa com 3 tomoe.
2 - Desde pequenininho já sabia lançar Katons Goukakyu de larga escala sem muito esforço.
3 - Tornou-se Chunin aos 10 anos de idade.
4 - Ingressou na Academia Ninja aos 6 anos de idade e se formou aos 7, criando uma reputação de sucesso que foi reverenciada como sendo a melhor de todos os tempos.
5 - Teve que treinar e aperfeiçoar muitos de seus jutsus por conta própria.
6 - Foi escolhido a dedo por Danzo para fazer parte dos Raízes da Folha.
7 - Foi o ANBU mais jovem de toda a história.
8 - Desde pequeno sua reputação já era conhecida o bastante para Kakashi conhecê-lo e elogiar sua proeficiência ao entrar na ANBU, dizendo que apesar de ser pequeno era super forte.
9 - Despertou o Mangekyo Sharingan com apenas 13 anos de idade.
10 - Colocou um Sannin Lendário em genjutsu e o derrotou com apenas 13-14 anos de idade, Orochimaru que era mundialmente conhecido.
Minato:
1 - Desenvolveu o Rasengan.
2 - Aderiu ao Hiraishin e o dominou em pouco tempo
3 - Foi reverenciado por Jiraya como sendo um prodígio e tanto em todas as áreas ninja
4 - Foi reverenciado por Tsunade como sendo um prodígio raro
5 - Possuia notas altas na Academia ninja
6 - Quando pequeno foi capaz de derrotar ninjas adultos da Nuvem para salvar Kushina
Esses feitos são dos dois quando mais jovens, mais velhos eles tem outros feitos, mas eu entendi que a premissa do tópico era discutir quem era mais forte quando jovem, ignorando após a juventude, então Itachi nesse caso leva.