Acho que no caso do vilão (não necessariamente o antagonista), parte da teoria literária é verdadeira, um grande vilão precisa ter uma mensagem e quanto mais pessoal ela for para o protagonista, maior ele será. Por isso todos grandes vilões são literalmente antíteses do protagonista.
Citando alguns casos clássicos fora dos animes:
Batman (Ordem e Seriedade) - Coringa (Caos e Brincadeira)
Superman (Altruísmo e humildade) - Lex Luthor (Egoísmo e egocentrismo)
Luke Skywalker (Luz e inocência) - Darth Vader (Mal e experiência)
Simba (Instinto e Coragem) - Scar (Esperteza e Covardia) [No caso da Disney, acho que isso se aplica a literalmente todos os vilões clássicos]
Agora antagonista em geral acho que vale a mesma conclusão do tópico sobre protagonistas:
autoprojeção - Isso não significa querer ser o antagonista ou concordar com ele, mas sim considerar as ações dele plausíveis, ex. Thanos do MCU
divertimento - Vilões carismáticos são especialmente populares, ex. Dio de JoJo
empatia - Vilões que conseguem fazer o leitor empatizar com eles são populares, ex. a maioria dos vilões de Naruto
cativamento - Nem precisa falar muito, vilões "fodões" devem ser os mais populares, tem casos como o do Hiei onde o vilão vira mocinho só por isso