O jogo é pior que filler, então não leve em consideração aquela cena do storm revolution.
No manga nunca foi mostrado o poder do Mangekyou sharingan do Madara, nem do irmão Izuna. Porém há 3 hipóteses que eu considero, em ordem do provável para o menos provável:
1° Poder de diferenciar clones do real. Madara diz na batalha contra os 5 Kages que ele foi o único cujo os olhos eram capazes de diferenciar um clone de madeira do Hashirama. Isso pode querer dizer que o MS do Madara tem uma capacidade analítica maior que a de um MS normal.
2° Poder de potencializar o jutsu, isso aqui é uma invenção da minha cabeça, mas já percebeu que todas as técnicas do Madara são maiores que os normais? Talvez o Mangekyou dele potencialize os jutsus que ele solta. Mas como disse é apenas coisa da minha cabeça.
3° Tengai shinsei, a habilidade de fazer um meteoro surgir acima das nuvens. O mais provável é que essa técnica seja do Rinnegan, as wiki dizem que é do rinnegan, mas Madara usou o Susanoo para fazer a técnica, então é possível que seja a técnica do mangekyou dele, e ele não usou durante a vida, porque ele sabia que iria morrer junto com o inimigo.
4° Digamos que a Bandai falou diretamente com o Kishimoto nas escondidas e ele fez a revelação de que Madara consegue ver o futuro ou retroceder o tempo e o jogo está certo...