Muito provavelmente a criação de braços de chakra por grandes quantidades de tempo precisavam de muita técnica ou algum tipo de dificuldade que impedia o mesmo de utilizá-los com maestria, inclusive o próprio Naruto demorou a usá-los com grande frequência e por tempos longos(
que eu me lembre apenas após o Modo Rikkudou).
Apesar dessa dificuldade isso não se mostrou impossível, como o
@FrutosDoMar afirmou acima o Minato
já havia mostrado poder utilizar esse tipo de habilidade com o manto de chakra da Kurama:
Sendo assim sabemos que ele pode sim utilizar os tais braços/membros de chakra oque pode acontecer é que ele não possui tamanha habilidade técnica para utilizá-lo sem os braços ou para fazer jutsus, selos, braços por longos períodos... Ou até mesmo não viu a necessidade de tê-los visto que o mesmo já tinha o Hiraishin.