Lutas que são infinitamente melhores no anime:
Orochimaru vs. Hiruzen, Obito vs. Kakashi, Sasuke vs. Orochimaru (Floresta da Morte)
Lutas que são infinitamente melhores no mangá:
Sakura e Chiyo vs. Sasori, Naruto vs. Orochimaru
As lutas do início do Shippuden eram MUITO arrastadas, todas foram prejudicadas pelo anime. Mas no clássico o anime adicionou coisas que realmente acrescentaram às lutas, como no caso do Orochimaru contra o Hiruzen/Sasuke.
Pain vs. Jiraiya é constante em qualquer uma das mídias. Eis minha lista do anime (sem ordem da preferência nas linhas):
Rank S: as melhores lutas.
Rank A: lutas muito boas, mas que falta algo para chegar ao Rank S.
Rank B: lutas boas, com um bom número de jutsus e ação/emoção.
Rank C: lutas aceitáveis e/ou curtas, que não chegam a ser monótonas.
Rank D: lutas ruins, curtas e/ou até estendidas demais (início do Shippuden).
Rank E: lutas horríveis.
Logo mais lanço do mangá.