Foi dito que Orochimaru queria a Totsuka, possivelmente pois ele já possuía a Kusanagi, então seguindo as lendas faz sentido. Nada é dito sobre o Yata, nesse caso.
Quando Itachi foi revivido essas armas foram esquecidas, não tem uma página do Itachi ET usando Yata, e a Totsuka só foi usada quando o enredo pediu, no selamento do Nagato.
Acho que o Kishimoto se arrependeu de todo hype que colocou em cima desses ítens, principalmente no Databook.
Mas, ele gostava de usar esses artifícios, dizer que determinado personagem sempre tem uma carta na mangá, que ele seria mais forte em outra situação, e etc.