Por tradição. Isto acontece até no mundo real, onde não é incomum perceber que pais médicos, normalmente, também influenciam que seus filhos sejam médicos. Habilidades são compartilhadas de pais para filhos desde tempos imemoriais até que se tornam uma especialidade da família, algo que os faz únicos, algo que eles fazem melhor do que os outros, algo de que se orgulham e querem passar adiante: essas habilidades se tornam mais do que meras ferramentas para o combate, se tornam uma tradição para essas famílias.
No caso das Transformações da Natureza, podemos dizer que eles já utilizam Inton ou Youton em seus Hijutsu: os Akimichi utilizam Youton para aumentar a própria massa corporal, enquanto os Nara utilizam Inton para alterar as propriedades de suas sombras.
No caso dos Yamanaka, os Hijutsu deles são fortemente inclinados para o uso de energia espiritual, então devem usar Inton. Já os Inuzuka podem alterar o próprio corpo, o que pode ser um indício de Youton. Os Aburame podem estar meramente manipulando os insetos com o chakra puro, sem fazer uso de Transformação da Natureza. Por outro lado, os Hyuuga provavelmente possuem mais afinidade para Transformação de Forma.
Do mais…
Fuuinjutsu é algo que a Casa Principal dos Hyuuga utiliza. O Fuu dos Yamanaka também já fez uso.
A Kekkai ao redor da Folha é dos Yamanaka, se não me engano, e isso até utiliza Suiton.
Kenjutsu é mais questão de escolha. Os Uchihas preferem shurikens, os Akimichis preferem bastões e assim vai.
Kuchiyose também é mais questão de escolha, mas os insetos dos Aburame e os ninken dos Inuzuka cumprem bem a função.
O ponto é que todo clã possui uma especialidade, as outras habilidades são meros complementos no arsenal deles. Os Uchihas, por exemplo, também não possuem mais do que Katon e Sharingan, a não ser no caso dos excepcionais.