No anime sai apenas uma serpente da Yamata, e no mangá sai 3 serpentes ( Uma foi queimada pelo Amaterasu, já as outras duas, não se sabe o que aconteceu ).
E não é só nessa parte, que Kabuto parece estar conversando sozinho.
Se vcs verem, quando Tobi ameaça Kabuto, na hora ele pensa " Estou enrascado se tiver que enfrentar o Rinnegan aqui ", e logo depois vem outra voz e diz "Acalme-se... Não precisa entrar pânico, ainda tenho muito em minhas mangas ".
Pra mim das duas, é uma:
- Orochimaru é o prórpio Kabuto, mas, prefere ser discreto e usar a identidade do Kabuto pra não causar alarde, pois Orochimaru é uma lenda conhecida e temida no Mundo Shinobi, e tanto a aliança, quanto o Tobi, ficariam preocupados, caso soubessem que ele ainda está vivo, ou;
- Orochimaru é aquela serpente que kabuto carrega, então ela fica dando as “coordenadas” ao Kabuto através do sub-consciente dele ( Pra que não desconfiem de nada ), dizendo o que ele deve e o que não deve fazer.
E é muito estranho não ter sido mostrado a luta de Kabuto e Anko, acho que ela pode ter descoberto a verdadeira identidade do kabuto, por isso kabutomaru acabou a pegando como refém.
E tbm, tem muitas afirmações no DB e no mangá, que dão brechas uma possivel volta do Orochimaru, é só ver aqui: