Dois irmãos, Edward e Alphonse Elric, ao tentarem reviver sua mãe que adoeceu com alquimia, acabam perdendo partes do corpo, Edward perdeu 1 braço e uma perna, já Alphonse perdeu seu corpo completo. Edward consegue por a alma de seu irmão em uma armadura e os 2 saem em uma jornada a fim de conseguirem recuperar seus corpos.
Não falarei mais pra não dar spoiler. Esse resumo que fiz serve pro FullMetal Alchemist e pro FullMetal Alchemist Brotherhood, recomendo que veja o Brotherhood, pois é uma versão fiel ao mangá e melhor que o FullMetal Alchemist (minha opinião). É um anime otimo e bem completo, não deixa a desejar.