Cara o Clã Uzumaki era muito bom com Fuinjutsu, mais não acho que seus Fuin represetassem problema pra uma vila em si, pra mim o problema foi que os Uzumakis podiam selar Bijus neles mesmos, os tornando um plobrema pro mundo Ninja.
Os Uzumakis eram os unicos que tinham corpo/chakra e conhecimento em selo o suficiente para selar as Bijus neles mesmo, os fazendo altamente perigosos para o mundo Ninja, e para qualquer vila.
Lembrando que o Clã Uzumaki residia na vila do redemoinho, mais não quer dizer que eles eram a vila em si, eles fundaram a vila com algum outro Clã assim como os Senjus com Uchihas.
Eu acredito que os Uchihas podem ter sido responsaveis pela destruição da vila ou do Clã.
1-Não existe possiilidade dos Senjus, Uzumakis e Uchihas terem sido destruidos por Konoha, além domais porque uma vila iria destruir seus proprios criadores? Não teria muita logica, apesar de não ser descartavel.
2-Konoha era liderado pelos Senjus, nem Tsunade, nem Tobirama iriam atacar tal vila, sendo que a primeira dama de Konoha, era uma Uzumaki, e pior a que mais ajudou Konoha.
Minha opnião, e que o Madara(ou Tobi) junto com a vila da Névoa e Kumogakure, atacou a vila do Redemoinho, ou então foi o Sandaime Raikage quem atacou a vila.
Ou ainda assim tem o Madara com seu meteorio para destruir a vila.
Enfim eu não acredito que seja por causa de força que os Uzumakis, Senjus e Uchihas foram destruidos, os Uchihas eram altamente poderosos porém queriam destruir Konoha, sendo assim eles morrerem era "normal", os Uzmakis, provavelmente foi alguma vila que temia seus Fuinjutsus que acabou por levar eles a destruição, e os Senjus, esse é um Misterio, nada e dito que eles foram exterminados, porém se eles estão dentro de Konoha ou não vai saber, mais acho que se foram destruidos, não foi por ninguem não, pois pra destruir os Senjus, eles teriam que passar pelos Senjus+Uchihaas+Hyuugas+ os Clãs que existiam na vila, e isso e meio dificil, anão ser que foi um golpe de estados dos Uchihas com os outros Clãs.
