Yahiko,companheiro de Nagato e Konan,queria que o ódio no mundo ninja tivesse fim.Então ele formou uma organização dentro da Aldeia da Chuva enfrentando a afiliação de Hanzou.Essa foi a Akatsuki,que inicialmente combatia o horror da guerra.As nuvens vermelhas nas capas dos ninjas representam nuvens do sangue derramado na guerra antiga.Segundo Tobi,ele influenciou Yahiko para que criasse a organização e deu o Rinnegan para Nagato para que tudo acontecesse segundo o "plano" dele.Já Konan diz que a organização foi fundada apenas por Yahiko sem quaisquer influências de terceiros.Porém,após a morte dele,Nagato assumiu o controle tentando impor a paz com a força.Daí em diante,assumiu a identidade de Pain e,agiu como líder (mas na verdade sub-julgado por Tobi).E Tobi indicava todas as ordens,enquanto Pain aplicava-as dizendo-se líder.Mas creio eu que apenas Zetsu e Konan sabiam da verdade,enquanto a grande maioria dos membros foram apenas peões sob os interesses de Tobi.Posteriormente,Tobi se revelou a Kisame porque já não era mais necessário esconder sua identidade para os poucos membros restantes(ele,Zetsu que já sabia e Kisame).