Considerando que o Madara é um monstro com chakra capaz de invocar um Susano'o Gigante, criar um Katon que nem 10 jounins juntos conseguem realizar um igual e com genjutsus poderosos ao ponto de ter Kyuubi como seu pet, fora não sabermos quais seus poderes do MS, e adicionando o fato de por conhecer Tobi, provavelmente o Madara sabe as fraquezas dele e dos jutsus dele, é normal que o Tobi tenha medo do Madara.
Creio que até Hashirama, ao ver Madara em posse da Kyuubi, sentiu medo do que estava por enfrentar, logo, tirando Rikudou Sennin e Juubi, quem não teria medo de enfrentar o Uchiha mais poderoso ao lado da sua raposa? Ninguém =p