acredito que quem tramou a morte da rin foi o próprio madara com a ajuda do zetsu.
madara precisava que o obito ficasse com ele, para assim passar todo os ensinamentos e conhecimentos necessários de forma a prepará-lo para continuar e concluir o seu plano. então ele simplesmente deve ter tramado a morte de rin para obito se encher de ódio contra kakashi e konoha e não mais querer voltar para junto dos seus amigos e do seu clã.
no capítulo 603 foi muita coincidência o zetsu aparecer de vez falando logo em kakashi e rin para o obito. acredito que isto foi proposital, para assim obito ir até o local e presenciar a morte de rin. os zetsus podem ter se transformados em clones de ninjas de outras vilas para simular um ataque inimigo. presenciando a morte de sua amada, obito logicamente culpou as vilas ninjas pela sua morte e deve ter se enchido de ódio contra konoha e as demais vilas e prometeu vingança. a partir dai resolveu cooperar com madara.
nao consigo pensar em outro motivo que deve ter levado obito a cooperar e seguir com o plano do madara.
considerado pelos críticos e especialistas como o melhor mangá já feito.