lol, Com a Kyubi o Naruto vence, nem é preciso discussão quanto a isso.
Mas sendo os dois em SM, a vantagem é clara do Jiraiya, também discordo da restrição do FRS, já que esse é o principal ataque do Naruto SM.
E como eu já disse, o Jiraiya é BEM mais completo, e BEM mais Ninja que o Naruto, esse é o fator diferencial, já que os dois são praticamente idênticos em alguns pontos.
E em relação ao SM, o do Naruto é perfeito, pois ele consegue equilibrar perfeitamente sua energia natural com o Chackra, enquanto o Jiraiya por não conseguir fazer isso, acabava ficando naquela forma parcial de sapo, Fukasaku explica sobre isso aqui:
Spoiler :
http://rebmanga.com/naruto/410/16/
Outra coisa, sobre a ativação do SM, pois tanto Jiraiya quanto Naruto levam alguns minutos para entrar em SM, mas no caso do Naruto, mesmo levando um pouco menos de tempo pra ser ativado que o do Jiraiya, ele entrar em SM é mais desvantajoso, porque ELE PRECISA FICAR TOTALMENTE PARADO pra acumular energia natural, abrindo brechas para ataques do inimigo se ele estiver SOZINHO, enquanto o Jiraiya só precisa ficar com as mãos juntas, mas pode se mover livremente, e contar com o suporte da suas Kuchyioses aliada a sua versatilidade.
Os Bunshins do Naruto contam, mas, Naruto NÃO PODE usar uma grande quantidade de Bunshins quando está em SM, e Jiraiya pode contraatacar isso com Jutsus de grande escala igual o Goemon e o Gamayuendan, além de armadilhas igual o GamaKuchiShibari.
E no uso estratégico de Bunshins, os dois são parecidos.