Dante escreveu: Não existe "Vilão final" em Naruto.
O principal Vilão de Naruto, é o ÓDIO que tem assolado o Mundo SHinobi durante todo esse tempo, e que tem gerado todas essas guerras.
Geralmente, desejo de vingança, busca por poder, sofrimento e etc, tudo isso acaba motivando as guerras e batalhas incessantes no Mundo Shinobi.
E será o Naruto quem irá por um fim a essa "corrente de ódio", como ele mesmo disse.
Eu concordo com você.
Querendo ou não, Madara, de uma determinada forma, busca a paz. No inicio ele não era alguém determinantemente mal, era alguém que queria proteger os interesses e a sobrevivência de seu Clã. Tanto que quando ele se voltou contra Hashirama no Vale do Fim, principalmente por medo que os Senjus logo excluíssem os Uchihas da sociedade intitulada como Konoha. Contudo, o que Madara temia, aconteceu, os Uchihas foram postos na parte mais isolada da vila...
Atualmente, quando Madara enfrentou os Kages, ele demostrou uma personalidade mais cruel. Mas é mais parecido com Nagato, ele foi acumulando ódio, tornando-o mais frio e egoísta.
Se pensarmos bem, nem mesmo Orochimaru é alguém tão cruel. Já vimos que quando mais novo, ele teve uma infância difícil, sem pais e sem Clã. Ele até era um homem "normal", tanto que já vimos como ele tratava Anko, quando a mesma era sua aluna.
Ao passar do tempo que ele acumulou ódio, e desejo de poder, tornando-o o mais cruel e sádico dos "vilões" de Naruto.