Pra mim fica difícil votar em uma só, tem várias que eu gosto, lá vai:
Heroe's Come Back - o retorno de Naruto, início do Shippuden, todas as mudanças mostradas, a música muito bem escolhida, o clima da abertura, a animação, pra mim, a mais caprichada até agora.
Distance - a relação de Naruto com Sasuke, cenas bem colocadas e trabalhadas, principalmente a que aparecem Sai, Danzou e Tsunade.
Closer - provavelmente é a que eu mais gosto, adoro a música e ficou muito bem colocado as cenas de todos virando para a "câmera" e o foco no Shikamaru, um campo das mesmas flores que Kurenai cultivava em casa, as sequências de lutas Izumo e os outros shinobis contra Kakuzu e Hidan, o kagamane do Shikamaru, Asuma contra Hidan e a expressão de desespero do Shikamaru, não tem como não sentir vontade de chorar assistindo ela e relembrando :BUUA:
Sign - Provavelmente a mais forte de todas, a relação de Jiraya com Naruto, assim como as de Sasuke com Itachi, as lutas de Jiraya contra Pain (a primeira vez que assisti, senti arrepios vendo essa luta na abertura, principalmente quando Jiraya pula com Gamabunta), Itachi x Sasuke. Incrível.
Diver - como foi dito, a mais profunda e repleta de analogias, Naruto afundando por conta de tudo o que passou e de não conseguir alcançar o Sasuke, mas ao mesmo tempo tem todos os amigos para levantá-lo (detalhe para o Sai pegando na bunda do Naruto) e no final Sasuke afundando sozinho e cada vez mais, tendo apenas Naruto disposto a salvá-lo.
Lovers - destaque para os sentimentos de Sakura sobre Naruto e Sasuke, a ideia de um futuro combate e a decisão de que ela precisa fazer algo.
Newsong - uma das que mais gosto também, muito animada, a música muito legal, os personagens em situações engraçadas (Killer B wtf, jounins bailarinos, Naruto atropelando Lee, Edo Tenseis) quebrando o clima pesado do começo da guerra, até as partes mais sérias são extremamente animadas e empolgantes.
Eu sinceramente, não gostei da atual, a música é até bacana, mas achei as sequências de cenas pouco empolgantes, a parte que gostei foi do "bro fist" do Bee e do A.
P.S.: A Akatsuki sempre ownando nas aberturas.