Ambos os modos são muito proveitosos e tem suas vantagens específicas.
No caso do Naruto, ambos o proporcionam boas habilidades sensoriais. O SM amplifica, e muito, os reflexos e a força do usuário, além de upar todas as técnicas com o chakra natural. Já o RM deu ao Naruto muito poder de fogo e velocidade, fora o fato dele poder esticar membros, ficar dentro da "Kyuubi" assim aumentando sua resistência. Por isso, acho que o RM é melhor se tratando dos aspectos gerais.
Como já disseram, existe a possibilidade do Naruto fusionar ambos os modos. Como eu acho que ele ainda terá o chakra dos Bijuus e os 50% restantes do chakra da Kyuubi, ao fusionar tudo isso em apenas um modo acho que ele teria uma força superior ao Hashirama ficando atrás, apenas, do Rikudou Sennin, ao qual ele também irá superar.
O problema de fusionar tudo isso em um único modo, seria o fato do Naruto precisar ter um controle de Chakra bem mais elevado. Já que ele precisaria equilibrar estamina, chakra dele, chakra da Kyuubi, chakra dos Bijuus e Senjutsu. Logo será bem difícil para ele alcançar esse modo.