Eu tenho a seguinte teoria.
olha o Kabuto queria duas coisas: se vingar da inimiga sua e do Orochimaru de algum tempo a Akatsuki e queria pegar o corpo do Sasuke. Só que ele pensou assim "para mim é muito mais fácil conseguir esses dois objetivos se aliando ao Tobi, porque o Sasuke e o Tobi vão estar perto e na hora certa eu dou o bote e quem sabe eu ainda fico o a Gedo Mazou, quem sabe consigo ressuscitar o Juubi e dou o jeito de dominar o mundo, inclusive vou destruir Konoha num ataque e realizar o sonho de Orochimaru - sama". Mas pensa ele está certo, perto do Obito ele podia fazer suas experiências com o Zetsu, ele podia aprender sobre o Juubi e sobre o jutsu do Tobi e sobre o Tsuki no Me que ele já sabia, só não sabia em detalhes. Então ele também pensou assim "vou capturar os Jinchurikis por conta própria, talvez eu uso como barganha ou fodo com o plano do Tobi e quando ele vier atrás de mim, além de eu ser foda vou usar meu trunfo ( Uchiha Madara). Só que o plano do Kabuto se deu mal por dois motivos: ele não esperava que o Itachi conseguiria sair do domínio dele e o Madara que ele talvez poderia querer usar, mas nem teve tempo. Realmente o plano dele é arriscado, ele tá brincando com fogo.